某日，一个巨大陨石掉落到了日本富士山附近。人类在陨石内部发现了外星技术并设立了专门的机构对其进行解析。10年后的某日，外星人ワーキュリー到地球抢夺陨石，而同时人渣教师羽柴当吉也在打陨石的主意，并强迫他的八个学生去启动陨石内部的仪器，结果超级机器人ガクセイバー就由陨石中诞生了……ガクセイバー由脑波操纵，武器则都靠驾驶员自己的想象力来生成。在漫画版中机体的颜色是蓝，但由于OVA的主战场是宇宙，为了能和背景对比而改成了红色。
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