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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
大卫·海德·皮尔斯,凯瑟琳·基纳,玛丽·麦克科马克,布莱尔·安德伍德,朱莉娅·罗伯茨,大卫·杜楚尼
多米尼克·珀塞尔,娜塔莎·迈尔兹,柯南·史蒂文斯,约翰·芬,克雷格·法布拉斯,杰西·莫斯
吉莲·安德森,本·金斯利,卡兰·麦克奥利菲,杰拉丁妮·詹姆斯,斯蒂文·麦金托什,塔梅尔·哈桑,克雷格·加纳,罗伊·哈德,莱勒·罗迪,詹姆斯·特拉佩,马克·阿桑特
勃朗特·卡迈克尔,理查德·E·格兰特,吉莲·安德森,阿迪勒·阿赫塔尔,Amira,Macey-Michael,Tom,Pegler,Endeavour,Clutterbuck,Megan,Harris
理查德·哈蒙,詹姆斯·皮齐纳托,威廉·B·戴维斯,瑞秋·尼科尔斯,维克多·韦伯斯特,莱克莎·多伊格,凯蒂·芬德莱,塔莫·潘尼凯,森田友希,Luvia·Petersen,埃里克·克诺德森,斯蒂芬·罗波,罗杰·R.克劳斯,梅寇·阮,珍妮特·基德尔,托尼·阿门多拉
海瑟·格拉汉姆,娜塔莎·麦克艾霍恩,奥利弗·库珀,米拉娜·薇恩翠,汉娜·梅·李,达里尔·布里特-吉布森,斯科特·安东尼·利特,布兰登·T·杰克逊,斯蒂芬·托布罗斯基,玛德琳·马丁,凯伦,塔拉·霍尔特,丹·巴克达尔,帕梅拉·阿德龙,奥布丽·K·米勒,迈克尔·因佩里奥利,玛丽·莱恩·莱杰斯库,路奈尔·坎贝尔,梅赛德丝·马索霍,大卫·杜楚尼,伊万·汉德勒,席瑞娜·文森,克里斯蒂安·克莱门松,詹尼斯·波尼德克斯特,吉娅,丽贝卡·梅茨,达娜·德洛伦佐,杰德·卡塔-普雷塔,布里奇特·戴维多维奇,罗杰·霍华斯
